Pada tahun 1924, bertempat di Saubure, Negara kecil yang dekat dengan Alpen… Kazuya Kujou belajar di luar negri bertempat di Akademi Saint Marguerite yang terkenal, dimana banyak terdapat mitos dan legenda. Biasanya Kazuya mengabaikan mitos-mitos itu, tapi temannya yang pintar Victorique de Blois tertarik dengan kejadian yang sebenarnya, dia menggunakan Logika yang sangat hebat untuk memecahkan suatu misteri yang bahkan Detekif terkenal tidak bisa. Gosick